おそらく.htaccessの編集は出来ないため、管理画面で設定するのが最も簡単かと思います。
（参考）https://community.shopify.com/c/technical-q-a/can-i-edit-htaccess-file-or-does-shopify-offer-another-way-to-do/td-p/551985
管理画面での方法は以下ですが、既に試された方法なのでしょう。
https://help.shopify.com/ja/manual/online-store/menus-and-links/url-redirect
推称されるリダイレクト方法は.htaccessですが、metaやJavaScriptでもリダイレクト出来なくはないですね。
↓０秒後に指定URLにリダイレクト
※ただし、出来たとしても問題点があります。
ページ内各所には、既に正規URLが指定されています。
基本的には①の形式ですので、これを②に書き換える作業が必須かと思います。
■canonicalタグの設定 （おそらくtheme.liquid内）
現在の出力形式は以下です。
google側としてはcanonicalタグが正規URLだと判断するので、書き換えが必要ですね。
商品品番「fdbmobler-j46」は「/collections/chair-stool」に所属していますが、他の商品の場合は何のコレクションにするのか。
その辺りのルールを定めておけば、自動で振り分けが可能かと思います。
ルールが不明瞭であれば、例えば商品のmetafielsに正規URLのテキストを登録し、それを出力するのが確実かと思います。
■除外ページの指定（Templates > robots.txt.liquid）
https://greeniche.jp/robots.txt
（すでに独自の記述が追加されていますね。）
上記のrobots.txtの設定にて、①③の形式を一括指定なり個別指定で除外します。
除外設定したURLは、検索時にヒットしなくなります。
※しばらくは手を加えず、Google検索時に①③形式がヒットしなくなった頃合いに追加する方がいいです。
最悪、②のURLに到達できず、評価が下がる期間が出てしまいかねません。
■構造化マークアップ（ソースの最初の辺り）
構造化には２種類あり、閲覧中の商品情報、ページ情報が格納されています。
- 商品情報
- パンクズ情報
- こちらはページ情報のため、①のURLで閲覧すると①の形式が、②だと②、③だと③が出力されています。
canonicalタグと同様にカスタマイズ可能でしょう。
【カスタマイズ不可？】
以下が問題点です。
調べてもカスタマイズ方法が出てきませんでした。
■サイトマップ登録
https://greeniche.jp/sitemap_products_1.xml?from=4758520823913&to=6889471803497
こちらが現在の商品一覧です。
①の形式を正規のページとして申請しています。
（基本的には自動作成です。商品やページの登録や削除など、サイト内を更新するたび刷新しています。）
Google search consoleはサイトマップのページをインデックスしますので、正しく記述しないと、ページの評価が下がるかもしれません。
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現在Shopifyは①の形式を正規の商品URLとして設計しているようですね。
まず編集可能な部分に手を加え、様子を見るのも手かもしれませんが、Googleからどのような判断が下るか検討もつかないです。
歯切れの悪い回答になって申し訳ありません。
