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Einzelheiten der Nextflow-Workflow-Definition

HealthOmics unterstützt Nextflow DSL1 und DSL2. Details hierzu finden Sie unter Unterstützung der Nextflow-Version.

Nextflow DSL2 basiert auf der Programmiersprache Groovy, sodass Parameter dynamisch sind und Typzwang nach den gleichen Regeln wie Groovy möglich ist. Die vom Eingabe-JSON bereitgestellten Parameter und Werte sind in der Parameters () -Map des Workflows verfügbar. params

Verwenden Sie die Plugins nf-schema und nf-validation

HealthOmics bietet die folgende Unterstützung für Nextflow-Plugins:

Geben Sie Speicher-URIs an

Wenn ein Amazon S3 oder HealthOmics URI verwendet wird, um eine Nextflow-Datei oder ein Nextflow-Pfadobjekt zu erstellen, stellt es das entsprechende Objekt für den Workflow zur Verfügung, sofern Lesezugriff gewährt wird. Die Verwendung von Präfixen oder Verzeichnissen ist für Amazon S3 S3-URIs zulässig. Beispiele finden Sie unter Amazon S3 S3-Eingabeparameterformate.

HealthOmics unterstützt teilweise die Verwendung von Glob-Mustern in Amazon S3 S3-URIs oder HealthOmics Speicher-URIs. Verwenden Sie Glob-Muster in der Workflow-Definition für die Erstellung von Or-Kanälen. path file Informationen zum erwarteten Verhalten und zu genauen Fällen finden Sie unterNextflow-Behandlung von Glob-Mustern in Amazon S3 S3-Eingaben.

Nextflow-Direktiven

Sie konfigurieren Nextflow-Direktiven in der Nextflow-Konfigurationsdatei oder Workflow-Definition. Die folgende Liste zeigt die Rangfolge, in der die HealthOmics Konfigurationseinstellungen angewendet werden, von der niedrigsten zur höchsten Priorität:

Strategie zur Wiederholung von Aufgaben mithilfe von ErrorStrategy

Verwenden Sie die errorStrategy Direktive, um die Strategie für Aufgabenfehler zu definieren. Wenn eine Aufgabe mit einer Fehleranzeige (einem Exit-Status ungleich Null) zurückkehrt, wird die Aufgabe standardmäßig gestoppt und die gesamte HealthOmics Ausführung beendet. Wenn Sie errorStrategy auf festlegen, wird HealthOmics versuchtretry, die fehlgeschlagene Aufgabe erneut zu versuchen. Informationen zur Erhöhung der Anzahl der Wiederholungen finden Sie unter. Wiederholungsversuche von Aufgaben mithilfe von MaxRetries

process {
    label 'my_label'
    errorStrategy 'retry'

    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

Informationen darüber, wie mit Wiederholungsversuchen HealthOmics von Aufgaben während einer Ausführung umgegangen wird, finden Sie unter. Die Aufgabe wird erneut versucht

Wiederholungsversuche von Aufgaben mithilfe von MaxRetries

Führt standardmäßig HealthOmics keine Wiederholungsversuche für eine fehlgeschlagene Aufgabe durch, oder versucht einen erneuten Versuch, wenn Sie dies konfigurieren. errorStrategy Um die maximale Anzahl von Wiederholungen zu erhöhen, legen errorStrategy Sie die maximale Anzahl von Wiederholungen fest retry und konfigurieren Sie sie mithilfe der Direktive. maxRetries

Im folgenden Beispiel wird die maximale Anzahl von Wiederholungen in der globalen Konfiguration auf 3 festgelegt.

process {
    errorStrategy = 'retry'
    maxRetries = 3
}     

Das folgende Beispiel zeigt, wie maxRetries im Aufgabenbereich der Workflow-Definition festgelegt wird.

process myTask {
    label 'my_label'
    errorStrategy 'retry'
    maxRetries 3
    
    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

Das folgende Beispiel zeigt, wie eine aufgabenspezifische Konfiguration in der Nextflow-Konfigurationsdatei auf der Grundlage der Namens- oder Labelselektoren angegeben wird.

process {
    withLabel: 'my_label' {
        errorStrategy = 'retry'
        maxRetries = 3
    }

    withName: 'myTask' {
        errorStrategy = 'retry'
        maxRetries = 3
    }
}   

Deaktivieren Sie die Aufgabenwiederholung mit Omics 5.xx RetryOn

HealthOmics Unterstützt für Nextflow v23 und höher Aufgabenwiederholungen, wenn die Aufgabe aufgrund von Dienstfehlern fehlgeschlagen ist (5XX-HTTP-Statuscodes). Standardmäßig werden bis zu zwei HealthOmics Wiederholungen einer fehlgeschlagenen Aufgabe versucht.

Sie können so konfigurierenomicsRetryOn5xx, dass die Wiederholung von Aufgaben bei Dienstfehlern deaktiviert wird. Weitere Informationen zur Wiederholung von Aufgaben finden Sie unter HealthOmics. Die Aufgabe wird erneut versucht

Im folgenden Beispiel wird die globale Konfiguration so konfiguriertomicsRetryOn5xx, dass die Aufgabenwiederholung deaktiviert wird.

process {
    omicsRetryOn5xx = false
}     

Das folgende Beispiel zeigt, wie die Konfiguration omicsRetryOn5xx im Aufgabenbereich der Workflow-Definition erfolgt.

process myTask {
    label 'my_label'
    omicsRetryOn5xx = false
    
    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

Das folgende Beispiel zeigt, wie eine aufgabenspezifische Konfiguration in der Nextflow-Konfigurationsdatei auf der Grundlage der Namens- oder Labelauswahl festgelegt omicsRetryOn5xx wird.

process {
    withLabel: 'my_label' {
        omicsRetryOn5xx = false
    }

    withName: 'myTask' {
        omicsRetryOn5xx = false
    }
}   

Aufgabendauer unter Verwendung der Zeitdirektive

HealthOmics stellt ein einstellbares Kontingent bereit (sieheHealthOmics Servicekontingenten), um die maximale Dauer einer Ausführung anzugeben. Für Workflows mit Nextflow Version 23 und höher können Sie mithilfe der Nextflow-Direktive auch die maximale Aufgabendauer angeben. time

Bei der Entwicklung neuer Workflows hilft Ihnen die Festlegung der maximalen Aufgabendauer dabei, außer catch geratene Aufgaben und lang andauernde Aufgaben zu erkennen.

Weitere Informationen zur Nextflow-Zeitdirektive finden Sie unter Zeitdirektive in der Nextflow-Referenz.

HealthOmics bietet die folgende Unterstützung für die Nextflow-Zeitdirektive:

Geben Sie die Timeoutdauer mit einer oder mehreren der folgenden Einheiten an:ms,s, mh, oderd.

Das folgende Beispiel zeigt, wie die globale Konfiguration in der Nextflow-Konfigurationsdatei angegeben wird. Es legt ein globales Timeout von 1 Stunde und 30 Minuten fest.

process {
    time = '1h30m'
}     

Das folgende Beispiel zeigt, wie eine Zeitanweisung im Aufgabenbereich der Workflow-Definition angegeben wird. In diesem Beispiel wird ein Timeout von 3 Tagen, 5 Stunden und 4 Minuten festgelegt. Dieser Wert hat Vorrang vor dem globalen Wert in der Konfigurationsdatei, hat jedoch keinen Vorrang vor einer aufgabenspezifischen Zeitanweisung für my_label in der Konfigurationsdatei.

process myTask {
    label 'my_label'
    time '3d5h4m'
        
    script:
    """
    your-command-here
    """
}     

Das folgende Beispiel zeigt, wie aufgabenspezifische Zeitdirektiven in der Nextflow-Konfigurationsdatei auf der Grundlage der Namens- oder Labelselektoren angegeben werden. In diesem Beispiel wird ein globaler Task-Timeout-Wert von 30 Minuten festgelegt. Es legt einen Wert von 2 Stunden für eine Aufgabe myTask und einen Wert von 3 Stunden für Aufgaben mit Bezeichnung my_label fest. Bei Aufgaben, die dem Selektor entsprechen, haben diese Werte Vorrang vor dem globalen Wert und dem Wert in der Workflow-Definition.

process {
    time = '30m'
    
    withLabel: 'my_label' {
        time = '3h'  
    }

    withName: 'myTask' {
        time = '2h'  
    }
}     

Verwenden Sie Nextflow-Profile

Nextflow-Profile sind benannte Sätze von Konfigurationseinstellungen, die Sie zur Laufzeit auswählen können. Definieren Sie Profile im profiles Block Ihrer nextflow.config Datei:

profiles {
    standard {
        process.cpus = 2
        process.memory = '4 GB'
    }

    production {
        process.cpus = 16
        process.memory = '64 GB'
        params.input = 's3://bucket/production-data.bam'
    }
}

Wenn Sie einen Lauf starten, geben Sie mit dem engineSettings Parameter ein oder mehrere Profile an. HealthOmics übergibt das -profile Flag an die Nextflow-Engine. Weitere Informationen finden Sie unter Geben Sie die Engine-Einstellungen an.

aws omics start-run \
  --workflow-id workflow-id \
  --role-arn role-arn \
  --output-uri s3://bucket/prefix/ \
  --engine-settings '{"profile": "production"}'

Wenn mehrere Profile angegeben werden (zum Beispiel"test,docker"), wendet Nextflow sie in der Reihenfolge an, in der sie in der Befehlszeile angegeben sind. Spätere Profile überschreiben frühere Profile bei widersprüchlichen Einstellungen. Bei Nextflow-Versionen unter 26 werden Profile in der Reihenfolge angewendet, in der sie in der Konfigurationsdatei definiert sind, und nicht in der Befehlszeilenreihenfolge.

Beachten Sie Folgendes:

Exportieren Sie Inhalte auf Workflow-Ebene

Für Nextflow v25.10 und höher können Sie Dateien exportieren, die außerhalb einzelner Aufgaben erstellt wurden, z. B. Herkunftsberichte oder Pipeline-DAGs. Um diese Dateien zu exportieren, schreiben Sie sie in. /mnt/workflow/output/ HealthOmics exportiert Dateien, die sich in diesem Verzeichnis befinden, an das output/ Präfix im Amazon S3 S3-Ausgabespeicherort Ihres Laufs.

Das folgende Beispiel zeigt, wie Sie das nf-prov Plugin konfigurieren, für das ein Herkunftsbericht geschrieben wird. /mnt/workflow/output/

prov {
    formats {
        bco {
            file = "/mnt/workflow/output/pipeline_info/manifest.bco.json"
        }
    }
}

Sie können diesen Pfad auch als Parameter in der Eingabe-JSON Ihres Laufs übergeben. Dieser Ansatz ist bei NF-Core-Workflows üblich, die verwenden. params.outdir

{
    "outdir": "/mnt/workflow/output/"
}

Aufgabeninhalt exportieren

Definieren Sie für in Nextflow geschriebene Workflows eine PublishDir-Direktive, um Aufgabeninhalte in Ihren Amazon S3 S3-Ausgabe-Bucket zu exportieren. Wie im folgenden Beispiel gezeigt, setzen Sie den Wert publishDir auf. /mnt/workflow/pubdir Um Dateien nach Amazon S3 zu exportieren, müssen sich die Dateien in diesem Verzeichnis befinden.

 nextflow.enable.dsl=2
              
  workflow {
    CramToBamTask(params.ref_fasta, params.ref_fasta_index, params.ref_dict, params.input_cram, params.sample_name)
    ValidateSamFile(CramToBamTask.out.outputBam)
  }
  
  process CramToBamTask {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        path ref_fasta
        path ref_fasta_index
        path ref_dict
        path input_cram
        val sample_name
  
    output:
        path "${sample_name}.bam", emit: outputBam
        path "${sample_name}.bai", emit: outputBai
  
    script:
    """
        set -eo pipefail
  
        samtools view -h -T $ref_fasta $input_cram |
        samtools view -b -o ${sample_name}.bam -
        samtools index -b ${sample_name}.bam
        mv ${sample_name}.bam.bai ${sample_name}.bai
    """
  }
  
  process ValidateSamFile {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        file input_bam
  
    output:
        path "validation_report"
  
    script:
    """
        java -Xmx3G -jar /usr/gitc/picard.jar \
        ValidateSamFile \
        INPUT=${input_bam} \
        OUTPUT=validation_report \
        MODE=SUMMARY \
        IS_BISULFITE_SEQUENCED=false
    """
  }   

Für Nextflow v25.10 und höher können Sie alternativ Workflow-Ausgaben verwendenpublishDir, um Aufgabeninhalte zu exportieren. Das folgende Beispiel zeigt, wie ein output Workflow-Block definiert wird, der Aufgabenergebnisse nach Amazon S3 exportiert.

process myTask {
    input:
    val data

    output:
    path 'result.txt'

    script:
    """
    echo ${data} > result.txt
    """
}

workflow {
    main:
    output_file = myTask('hello')

    publish:
    results = output_file
}

output {
    results {
        path '.'
    }
}

Weitere Informationen zu Workflow-Ausgaben finden Sie unter Workflow-Ausgaben in der Nextflow-Dokumentation.

Geben Sie die Nextflow-Syntaxversion an

Nextflow v26.04.0 verwendet standardmäßig den strengen Syntaxparser (v2). Dies ist eine bahnbrechende Änderung für Workflows, die mit der Legacy-Syntax (v1) geschrieben wurden, die in Nextflow v25.10.0 und früher der Standard ist. Informationen zur v2-Syntax finden Sie unter Strikte Syntax in der Seqera Nextflow-Dokumentation.

Um einen Workflow auszuführen, der für den Legacy-Parser (v1) erstellt wurde, setzen Sie in der Anfrage auf: engineSettings.syntaxVersion v1 StartRun

{
  "engineSettings": {
    "syntaxVersion": "v1"
  }
}

Für Nextflow v25.10.0 und früher wird der v2-Parser HealthOmics nicht unterstützt.

Versionshinweise zu Nextflow v26.04

In den folgenden Tabellen wird die HealthOmics Unterstützung für neue Funktionen, Verbesserungen und veraltete Versionen zusammengefasst, die in Nextflow Version 26.04 veröffentlicht wurden.

Neue Features und Verbesserungen

Veraltungen